Здравствуйте Юлия! По всей видимости, речь идет об определении порядка пользования по соглашению сторон. Если дом и земельный участок позволяют - можно выделить долю каждого в натуре. Да, все это можно сделать при помощи нотариуса, и вызывать БТИ и проводить межевание при этом сейчас не обязательно.

Добрый день.
Такой договор называется определением порядка пользования и он имеет силу только между сторонами, подписавшими договор. Его можно зарегистрировать в регпалате. Составить такой договор можно самим или попросить юриста, что значительно дешевле. Если речь идет о продаже доли домовладения третьему лицу, то это лицо должно по новой составлять и регистрировать договор определения порядка пользования. Такое положение действует по жилым помещениям.
Для участка правильнее делать раздел участка, межевание и регистрацию.

Во-первых продать кому? Один другому или постороннему лицу? Если первое, то ничего выделять не нужно, а всего-то оформить сделку договором купли-продажи или, если сделка безвозмездная, договором дарения.
В случае продажи постороннему лицу, действительно, целесообразнее сделать реальный раздел дома и участка, но при условии, что дом имеет два отдельных входа или как минимум возможность монтажа отдельного входа и функции создаваемой части дома как отдельной квартиры. О таком разделе вам и говорил нотариус, подразумевая договор о реальном разделе домовладения и земельного участка, которое и надлежит зарегистрировать в ЕГРП.
При разделе участка могут возникнуть проблемы, например площади каждого из участка не будут соответствовать нормам землеотвода, и тогда по участку придется определяться с пользованием, что существенно влияет как на цену продаваемого имущества, так и на порядок пользования, где соседи будут вынуждены постоянно обращаться друг к другу за согласием на производство каких либо мероприятий (заведение коммуникаций, застройка, продажа и т.д.). Ввиду такой особенности размежевание впринципе невозможно, а установить границы земельного участка (провести межевание всего, или если нормы позволяют каждого из вновь создаваемых) на сегодняшний день является уже нормой и это не так дорого, как может показаться на первый взгляд, цены порядка от 6000 до 15000 рублей (другие пока не встречались).
Нотариус "за отдельную плату" не может заниматься коммерческой деятельностью, это запрещено, такая помощь будет неформальной и договора об оказании услуг или квитанций об оплате от него не ждите. Выбор за вами.